De vrijmetselarij is dikwijls aangevallen geworden door totalitaire ideologieën en systemen.  Om te beginnen in de twintigste eeuw door communisten ( het Cubaanse regime is daarop een merkwaardige uitzondering) en later door de diverse vormen van het fascisme. Zinoviev verkrijgt in 1922 op een congres van de communistische internationale  het verbod op een dubbel lidmaatschap van de communistische partij en de  vrijmetselarij. Zowel in België als in Frankrijk negeren velen dat verbod. Anderzijds worden door Russische ballingen in Frankrijk, door de Bolsjewieken gesloten loges in ballingschap opgericht: “Astrée” bij de “ Grande Loge de France en “L’Etoile du Nord “ bij het “ Grand Orient de France”.

In het interbellum breken verschillende vormen van rechts extremisme door die de vrijmetselarij beschuldigen ten dienste te staan van het communisme en of het “judeo-kapitalisme”. Het is een uiting van de theorie van een joods-maçonniek complot dat aanleiding geeft tot vele artikels in de rechtse pers. In België wordt in 1925 de spits afgebeten door De Standaard en in de loop der dertiger jaren zullen La Libre Belgique, Le Pays Réel, De Standaard en Gazet van Antwerpen, lijsten publiceren van echte en vermeende maçons. Die publicaties komen tijdens de Tweede Oorlog de bezetter goed van pas om vrijmetselaars op te sporen, een aantal onder hen bekoopt het met de dood. Grootschalige anti-maçonnieke tentoonstellingen reizen in België en Frankrijk door het land.

In Frankrijk wordt een administratieve afdeling opgericht die zich bezig houdt met “geheime genootschappen” die de archieven bestudeert en erover rapporteert in een tijdschrift “Les Documents Maçonniques”. De vrijmetselarij wordt met de vinger gewezen voor de nederlaag. In 1941 krijgen de vrijmetselaars in Frankrijk bij wet dezelfde status als de joden. Een anti-maçonnieke film “ Forces Occultes” wordt in 1943 verspreid.

Een aantal nazis, zoals Himmler en Rosenberg, koesterden de waanidee dat de vrijmetselaars een esoterisch geheim bezaten dat van aard kon zijn de Nazi’s te helpen in hun zoektocht naar een übermensch en de vestiging van een duizendjarig rijk. Om dat uit te klaren werden allerlei soorten maçonnieke documenten over de vrijmetselarij in beslag genomen bij zetels van obediënties, bij loges en particulieren en via Brussel of Parijs naar Berlijn of Poznan versjouwd. De Russen zullen bij de val van die steden die archieven in beslag nemen en naar Moskou verslepen. Zij werden er zorgvuldig geïnventariseerd, geklasseerd en ...vergeten.

Enkele jaren terug werd na onderhandelingen door de Franse en Belgische ministers van Buitenlandse Zaken de teruggave van deze en andere Franse en Belgische archieven bekomen. Voor wat de archieven van de vrijmetselarij betreft, deze worden gedigitaliseerd om later bestudeerd te worden en verwerkt te worden in publicaties. De originele documenten kunnen desgevallend opnieuw bij de loges ondergebracht worden.